A estrutura curricular é em grande parte responsável pela formação que o aluno recebe ao longo de seu mestrado e doutorado. Ela também dá ao programa de pós-graduação uma identidade, onde é possivel perceber as características principais do PPGE-UFRJ. Como consta no Regimento do PPGE-UFRJ , é necessário um total de 360h de disciplinas para o Mestrado e 450h para o Doutorado. Desta carga horária total, uma parte deve ser cumprida nos Blocos Conceitual e Metodológico, como descrito a seguir.

Disciplinas cursadas em outros programas pós-graduação podem ser consideradas como atendendo aos blocos Conceitual ou Metodológico, mas serão avaliadas caso a caso pela Comissão Deliberativa através de solicitação por escrito assinada pelo aluno e orientador, anexando ementa, programa, carga horária e bibliografia. Segundo o regimento do PPGE, no máximo 1/3 da carga horária pode ser cursada em disciplinas de outros programas de pós-graduação.

Esta estrutura foi aprovada em reunião da Comissão Deliberativa de 24/03/2013, para alunos ingressando a partir de 2013. A mudança em relação à estrutura curricular anterior visa a dar ênfase igual tanto na formação em modelagem e ferramentas de análise quanto na formação conceitual nos campos teóricos da Ecologia. O domínio de uma variedade de metodologias pelos futuros profissionais tornou-se tão importante quanto a base conceitual.